本書由四十余所高校聯(lián) 合編寫而成，系統(tǒng)全面地介 紹生物信息學的基本概念與 內(nèi)容。全書內(nèi)容涵蓋分子生 物學數(shù)據(jù)庫、序列結(jié)構(gòu)與功 能分析、基因表達與非編碼 RNA轉(zhuǎn)錄分析、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 與功能、系統(tǒng)生物學、合成 生物學，以及計算生物學等 生物信息學中的重點問題書 中配有大量的二維碼及部分 視頻資源，方便讀者利用移 動設(shè)備進行查詢與學習。
本書可用作高等院校生 物信息學課程的教材，也可 作為科研院所相關(guān)專業(yè)學生 、研究人員的參考書。
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序
第四版前言
版前言
致學生的信
致老師的信
第一章 生物信息學的概念及發(fā)展歷史
第一節(jié) 生物信息學的發(fā)展歷史
第二節(jié) 生物信息學的研究領(lǐng)域
第三節(jié) 生物信息學的主要應用
第四節(jié) 生物信息學面臨的挑戰(zhàn)
思考題
主要參考文獻
第二章 生物學數(shù)據(jù)庫及其檢索
第一節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫簡介
第二節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)存儲格式
第三節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫的檢索
思考題
主要參考文獻
第三章 序列比對原理
第一節(jié) 序列比對相關(guān)概念
第二節(jié) 序列比對打分方法
第三節(jié) 序列比對算法
第四節(jié) 序列比對工具
第五節(jié) 多序列比對
思考題
主要參考文獻
第四章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測與分析
第一節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)組織層次
第二節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的測定與理論預測
第三節(jié) 蛋白質(zhì)對接
第四節(jié) 蛋白質(zhì)折疊與疾病
思考題
主要參考文獻
第五章 基因組學
第一節(jié) 基因組學概述
第二節(jié) 蛋白質(zhì)編碼基因的注釋
第三節(jié) RNA基因的注釋
第四節(jié) 重復序列的注釋
第五節(jié) 假基因的注釋
第六節(jié) 案例分析：黃瓜基因組的注釋
思考題
主要參考文獻
第六章 轉(zhuǎn)錄組學
第一節(jié) 轉(zhuǎn)錄組學概述
第二節(jié) 試驗設(shè)計和測序流程
第三節(jié) 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)核心分析
第四節(jié) 功能分析
第五節(jié) RNA-seq數(shù)據(jù)分析案例
思考題
主要參考文獻
第七章 非編碼RNA
第一節(jié) 非編碼RNA概述
第二節(jié) 非編碼RNA的分類
第三節(jié) microRNA
第四節(jié) lncRNA
第五節(jié) circRNA
第六節(jié) 其他小分子RNA
思考題
主要參考文獻
第八章 蛋白質(zhì)組學
第一節(jié) 蛋白質(zhì)組學概述
第二節(jié) 蛋白質(zhì)的大規(guī)模分離鑒定技術(shù)
第三節(jié) 蛋白質(zhì)的翻譯后修飾
第四節(jié) 蛋白質(zhì)分選
第五節(jié) 蛋白質(zhì)相互作用
思考題
主要參考文獻
第九章 系統(tǒng)生物學
第一節(jié) 系統(tǒng)生物學基本概念
第二節(jié) 復雜網(wǎng)絡(luò)及特征
第三節(jié) 系統(tǒng)生物學基本技術(shù)與方法
第四節(jié) 基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
第五節(jié) 代謝網(wǎng)絡(luò)
第六節(jié) 信號轉(zhuǎn)導途徑
第七節(jié) 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
第八節(jié) 虛擬細胞
第九節(jié) 生物學網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建、分析與可視化
思考題
主要參考文獻
第十章 合成生物學
第一節(jié) 合成生物學概述
第二節(jié) 合成生物學基礎(chǔ)研究經(jīng)典實例
第三節(jié) 合成生物學應用研究經(jīng)典實例
思考題
主要參考文獻
第十一章 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育
第一節(jié) 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育概述
第二節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法
第三節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建及應用
思考題
主要參考文獻
第十二章 統(tǒng)計學習與推理
第一節(jié) 統(tǒng)計學習與推理基礎(chǔ)
第二節(jié) 統(tǒng)計模型與參數(shù)推斷
第三節(jié) 聚類分析、主成分分析與Fisher判別
第四節(jié) 貝葉斯推理
第五節(jié) 隱馬爾可夫模型
第六節(jié) 動態(tài)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
第七節(jié) 深度學習
第八節(jié) 支持向量機
第九節(jié) MATLAB的應用實例
思考題
主要參考文獻
第十三章 生物信息學編程基礎(chǔ)
第一節(jié) Linux操作系統(tǒng)
第二節(jié) 生物信息學中的編程語言
第三節(jié) SQL及數(shù)據(jù)庫編程
第四節(jié) 并行計算
思考題
主要參考文獻
第十四章 新一代測序技術(shù)及其應用
第一節(jié) 測序技術(shù)概述
第二節(jié) 第二代測序原理
第三節(jié) 第二代測序技術(shù)的應用
第四節(jié) 生物信息學在第二代測序中的應用
第五節(jié) 生物信息學新技術(shù)與發(fā)展趨勢
思考題
主要參考文獻
附錄
思政導讀
首批中國生物信息學終身成就獎得主簡介
基因組科學數(shù)據(jù)中心：整合中國組學資源，打破數(shù)據(jù)孤島
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