分子動力學(xué)模擬方法是材料科學(xué)與工程中重要的研究方法。分子動力學(xué)模擬的計算量極其龐大, 屬于計算高度密集型的科學(xué)計算應(yīng)用。本書基于高性能計算機體系結(jié)構(gòu), 針對分子動力學(xué)模擬中計算勢能的幾種方法, 重點討論了短程力計算算法和長程力計算算法在共享內(nèi)存和分布式內(nèi)存體系結(jié)構(gòu)上的并行實現(xiàn), 綜合考慮并行性、非規(guī)則計算、數(shù)據(jù)的時間空間局部性等核心問題, 著重討論在共享計算機上短程力計算和長程力計算的并行計算模型, 為分子動力學(xué)的高性能模擬提供了參考模型。通過本書, 能使讀者對分子動力學(xué)基本原理和分子動力學(xué)模擬在共享內(nèi)存和分布式內(nèi)存體系結(jié)構(gòu)計算機上的并行實現(xiàn), 有一個全面且深入的了解。