目錄
序
前言
第1章生物信息學(xué)引論 1
1.1 引言 1
1.2 生物信息學(xué)的產(chǎn)生與發(fā)展 3
1.3 生物信息學(xué)的主要研究內(nèi)容 7
1.4 生物信息學(xué)教育與學(xué)習(xí) 14
問題與練習(xí) 15
第2章 生物學(xué)基礎(chǔ) 16
2.1 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能 16
2.2 遺傳信息的載體—— DNA 18
2.3 分子生物學(xué)中心法則 19
2.4 基因組 24
2.5 基因表達(dá)調(diào)控 25
2.6 DNA測序技術(shù) 28
問題與練習(xí) 40
第3章 統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)與推理 41
3.1 統(tǒng)計(jì)學(xué)習(xí)與推理基礎(chǔ) 41
3.2 統(tǒng)計(jì)理論 43
3.3 分類算法 48
問題與練習(xí) 63
第4章 生物信息學(xué)資源 64
4.1 引言 64
4.2 基因組信息資源 67
4.3 蛋白質(zhì)信息 76
4.4 生物大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫 87
4.5 其他生物學(xué)數(shù)據(jù)庫 90
問題與練習(xí) 93
第5章 序列分析與序列比對 95
5.1 核酸序列分析 95
5.2 表達(dá)序列標(biāo)簽分析 100
5.3 蛋白質(zhì)序列分析 104
5.4 生物數(shù)據(jù)綜合分析工具 110
5.5 序列比對的基本概念 115
5.6 雙序列比對 122
5.7 多重序列比對 126
問題與練習(xí) 134
第6章 分子系統(tǒng)發(fā)生分析 135
6.1 系統(tǒng)發(fā)生與系統(tǒng)發(fā)生樹 135
6.2 分子進(jìn)化模型與序列分歧度計(jì)算 139
6.3 分子系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建 143
6.4 系統(tǒng)發(fā)生樹的可靠性 151
6.5 分子系統(tǒng)發(fā)育分析軟件及應(yīng)用 152
問題與練習(xí) 155
第7章 基因組信息學(xué) 157
7.1 引言 157
7.2 人類基因組計(jì)劃和基因組信息學(xué) 158
7.3 基因組結(jié)構(gòu)特點(diǎn) 163
7.4 基因組序列分析 167
7.5 基因識別方法 169
7.6 調(diào)控元件識別 177
7.7 功能基因組學(xué) 181
問題與練習(xí) 187
第8章 生物芯片 189
8.1 生物芯片簡介 189
8.2 生物芯片的種類 190
8.3 基因芯片的基本原理和基本流程 191
8.4 生物芯片的應(yīng)用 194
8.5 基因芯片數(shù)據(jù)預(yù)處理 195
8.6 芯片數(shù)據(jù)分析 199
問題與練習(xí) 202
第9章 轉(zhuǎn)錄組信息學(xué) 203
9.1 表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù) 204
9.2 基因表達(dá)系列分析技術(shù) 204
9.3 大規(guī)模平行測序技術(shù) 206
9.4 RNA-seq測序及測序數(shù)據(jù)的預(yù)處理 207
9.5 RNA-seq測序數(shù)據(jù)的分析 216
問題與練習(xí) 222
第10章 蛋白質(zhì)組信息學(xué) 223
10.1 引言 223
10.2 蛋白質(zhì)組學(xué)常用的實(shí)驗(yàn)方法 224
10.3 蛋白質(zhì) -蛋白質(zhì)相互作用 230
10.4 蛋白質(zhì)翻譯后修飾的鑒定 235
10.5 蛋白質(zhì)組學(xué)的應(yīng)用 243
問題與練習(xí) 247
第11章 系統(tǒng)生物學(xué) 248
11.1 引言 248
11.2 系統(tǒng)生物學(xué)的基本概念 248
11.3 系統(tǒng)生物學(xué)的基本技術(shù)與方法 252
11.7 信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路 277
11.4 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建基礎(chǔ) 254
11.8 蛋白質(zhì) -蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 283
11.5 基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 273
問題與練習(xí) 286
11.6 代謝網(wǎng)絡(luò) 275
參考文獻(xiàn) 288