國家蛋白質(zhì)科學研究(上海)設施(NFPS)是我國為適應對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的重大基礎科學研究需要,把蛋白質(zhì)科學研究推向世界一流水平,在十一五和十二五期間興建的國家重大科技基礎設施,它擁有九大系統(tǒng)的先進科學儀器裝置和大型成套設備。本書圍繞該設施建設的目的意義,規(guī)劃、審批、建筑安裝和測試驗收過程,各個系統(tǒng)的具體設備配置、性能、運行原理、操作特點和使用維護的注意事項,以及在設施開放服務過程中,用戶所取得的舉世矚目的成果,全面進行了介紹與闡釋,幫助讀者理解該設施在蛋白質(zhì)研究以及其他相關研究中的巨大應用潛力,掌握具體使用其中設備儀器的方式方法,懂得它在世界同類設施中名列前茅的地位。撰稿人員為此提供了大量表格、實物照片、示意圖,細致描述建筑安裝進程和測試流程,力求讓專業(yè)讀者對設施有全面周詳?shù)牧私。對書中所涉及的一些專門科學概念,也以腳注形式作簡要解釋。本書撰稿人就是參加NFPS建設、維護和開放服務,并同時利用NFPS設備開展研究的科技人員,目標讀者群為生物物理學與分子生物學特別是涉及蛋白質(zhì)研究領域的研究和教學人員及學生、材料科學與單分子技術的研究教學人員及學生。由于本書比較注重語言上的深入淺出,在行文上把平實的輪廓性介紹與深入的分析結(jié)合起來,因此也能供其他對我國大科學工程感興趣的讀者閱讀,以了解我國這一大科學設施概貌。
這是由國家大科學工程建設者自己寫的書,展示中國蛋白質(zhì)研究一流設備系統(tǒng)。作者們力求將設施的寶貴建設經(jīng)驗及設備的運行管理知識,盡可能曉暢易懂地傳授給讀者。豐富的圖表資料配合理論與操作密切聯(lián)系的正文內(nèi)容,不僅可幫助專業(yè)人員迅速掌握設備使用方法,也能讓更多讀者領略我國當代科研設施的高技術含量。該設施主要目標是實現(xiàn)我國蛋白質(zhì)科學研究走向國際前列的戰(zhàn)略目標,其設備同時還適合進行與較大分子結(jié)構(gòu)研究或納米-微米物質(zhì)結(jié)構(gòu)有關的眾多研究領域,作者們對于如何使用及管理這些設備,進行了頗為具體細致的講解,十分有助于研究人員學習參考。在展示設施的過程中,他們也比較與評鑒了相關儀器特點,對于了解和掌握當代生命科學及材料科學的尖端精密設備的特性和現(xiàn)況,也無疑具有很大參考價值。
子曰工欲善其事,必先利其器。在我國由制造大國向創(chuàng)造大國轉(zhuǎn)型的重要時期,如何將中國的科學研究打造成支撐國家建設的強勁引擎,可謂科學界頭等大事之一。為善成此事而打造一批具備超強探索力的科研設施,并形成刺向前沿、揭示未知的國之利器,不僅體現(xiàn)了國家的戰(zhàn)略需求,也是中華民族為全人類文明所作出的貢獻。在這一時代背景下,國家蛋白質(zhì)科學研究(上海)設施應運而生,標志著我國在生命科學領域從跟隨者向先行者的角色轉(zhuǎn)換。
蛋白質(zhì)作為最重要的生物分子,是生物功能的主要執(zhí)行者,也是生命活動的承載體。認識蛋白質(zhì)不僅是人類了解自身的必經(jīng)之路,而且是對抗疾病、改善健康的關鍵一環(huán)。我國曾舉全國之力,為蛋白質(zhì)科學作出過重要貢獻,然而囿于國力所限以及人才匱乏的事實,數(shù)十年來只能在西方科學家的背影后面亦步亦趨,反復用紀念曾經(jīng)的成就來掩蓋長期停滯不前的尷尬。經(jīng)過長時間的國力發(fā)展與技術積累,中國的蛋白質(zhì)人終于迎來了屬于自己的發(fā)展契機!一方面,我國的制造能力足以支撐以蛋白質(zhì)科研為核心的設備建造,同時多年的引才計劃形成了合理的人才儲備,使得蛋白質(zhì)科研設施的建設具備了現(xiàn)實性;另一方面,精準醫(yī)學在21世紀突飛猛進,需要強大的蛋白質(zhì)科學基礎設施提供理論支撐和實現(xiàn)技術。這意味著,蛋白質(zhì)科研設施將不是一個精致而昂貴的科學家玩具,而會成為關乎人民健康水平提高和生活質(zhì)量改善的創(chuàng)新工廠。由此,人們足可理解蛋白質(zhì)科研設施建設的必要性。
蛋白質(zhì)分子是在空間折疊上高度復雜、時間過程上高度動態(tài),同時還處于高度交互的信息與物質(zhì)網(wǎng)絡之中的生物大分子。理解蛋白質(zhì)的功能運轉(zhuǎn)和調(diào)節(jié)方式,意味著需要擁有物理、化學、生物數(shù)據(jù)采集與分析之強大能力的復雜儀器系統(tǒng)。這些系統(tǒng)的任何子模塊的設計與制造,都是相當困難的工程,更遑論為發(fā)揮這些系統(tǒng)的最大能力,需要將所有的模塊集成化,來形成聯(lián)動大裝置。這就使整個設施的建設難度成數(shù)量級地增長。為了克服這樣的困難,我們將全國乃至全球范圍內(nèi)處于各個子系統(tǒng)的專家和技術人員集中整合成為精干的設計與建設隊伍,使過去各自為戰(zhàn)的小分隊,在建設中逐步形成為蛋白質(zhì)科學技術的聯(lián)合艦隊,克服了諸多技術困難,終于形成了本設施的九大技術系統(tǒng),即規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)(第2章)、蛋白質(zhì)核磁共振分析系統(tǒng)(第5章)、集成化電鏡分析系統(tǒng)(第6章)、質(zhì)譜分析系統(tǒng)(第7章)、復合激光顯微鏡系統(tǒng)(第8章)、分子影像系統(tǒng)(第9章)、數(shù)據(jù)庫與計算分析系統(tǒng)(第19章相關內(nèi)容)及位于上海光源內(nèi)的五線六站蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)(第3章)和蛋白質(zhì)動態(tài)分析系統(tǒng)(第4章)。經(jīng)過不斷改善與磨合,具備了五大蛋白質(zhì)科研能力規(guī);鞍踪|(zhì)制備能力、多尺度結(jié)構(gòu)分析能力、多層次動態(tài)研究能力、修飾與相互作用分析能力、數(shù)據(jù)庫與計算分析能力,能夠全面支撐我國蛋白質(zhì)科學研究所面臨的大部分技術與儀器需求。
除了技術上需要克服的種種困難,在大科學設施的建設過程中,大量的非技術性困難也是現(xiàn)實的問題。設施建設是為了支持創(chuàng)新,但其本身就是一項前無古人的創(chuàng)新性工作。如何調(diào)動技術人員積極性,如何形成適應大聯(lián)合系統(tǒng)所需的新型管理制度,如何應對舊科研體制的滯后性所帶來的阻力與干擾,都是建設人員需要殫精竭慮、不斷創(chuàng)新,有時甚至作出妥協(xié),才能一一加以處置的問題。
本專著的第1章總括介紹了建設這樣國際先進的蛋白質(zhì)研究大科學設施的重大意義、主要目標和決策及實施過程,從第2章到第9章具體介紹各個技術系統(tǒng)的原理、配置、性能、安裝調(diào)試和開放服務情況,第10章介紹設施開放服務的管理制度建設,還有用戶通過使用設施所取得的若干尤其突出的成果。編寫的具體分工如下:
第1章,汪利俊、曹禹、高馨;第2章,牟波、鄧瑋、張珺;第3章,姚德強、張蔚哲;第4章,李娜、唐雨釗、周曉潔;第5章,劉志軍;第6章,孔亮亮、袁青寧、張盈怡、李俊睿;第7章,彭超、吳萍、蘇晨;第8章,于洋、何淑芳、王艷;第9章,王鑫艷;第10章,許先慧。
國家蛋白質(zhì)科學研究(上海)設施的建設已經(jīng)一曲終了,但是它的運行正是發(fā)軔之初,前途尚遠。在這樣一個時刻,我們?nèi)w蛋白質(zhì)設施的設計者、建設者和運行者再次坐在一起,將過去9年時間里所做的種種努力加以總結(jié)回顧,將我們的欣然所得與無奈之舍,均原原本本地呈現(xiàn)于讀者面前,希望能讓熱愛蛋白質(zhì)研究的科學家們了解本設施的特點,更好地利用這一利器以善佳事;希望能為準備或者正在進行科學設施建設的同行們提供參考,使他們的建設過程更加順利,成果更加輝煌;也希望普通的讀者看到我們這本書,能夠?qū)ξ覈目茖W設施建設工作有所了解,感受我國蛋白質(zhì)科研事業(yè)的謨烈與艱辛。當然,我們更希望自己親手建設的蛋白質(zhì)設施,能夠跨越險灘、直濟滄海。愿她在征途上從此一帆風順,與其他的科研院所攜手,助力中華民族之偉大復興!
雷鳴張榮光
2018年5月1日
主編雷鳴,1994年畢業(yè)于清華大學現(xiàn)代應用物理系,2001年獲美國哈佛大學生物物理學博士學位,20042011年在美國密歇根大學醫(yī)學院生物化學系和霍華德休斯醫(yī)學研究院擔任教學及研究的高級職務。2011年回國工作,現(xiàn)任國家蛋白質(zhì)科學研究(上海)設施主任、中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所副所長和中國生物物理學會副理事長。中組部千人計劃特聘專家。副主編張榮光,1977年畢業(yè)于中國科技大學,19902009年在美國阿貢國家實驗室、中西部結(jié)構(gòu)基因組學研究中心以及傳染病結(jié)構(gòu)基因中心擔任高級研究職務。 2009年回國,任中國科學院生物物理研究所和中科院上海生化細胞研究所研究員,并參與上海光源生物大分子五線六站的建設,F(xiàn)任國家蛋白質(zhì)科學研究(上海)設施副主任。中組部千人計劃特聘專家。其他編寫人員均為該設施技術主管或骨干。
第1章總論1
1.1國內(nèi)外發(fā)展趨勢與現(xiàn)狀2
1.2建設的必要性5
1.3上海設施建設的目標8
1.4建設歷程9
1.5科學意義和社會效益15
1.6推進分類改革,率先行動爭創(chuàng)一流17
參考文獻18
第2章規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)19
2.1規(guī);鞍踪|(zhì)制備系統(tǒng)概述19
2.2系統(tǒng)建設目標、技術方案和驗收指標20
2.3規(guī);寺『偷鞍踪|(zhì)可溶性篩選模塊22
2.4多種體系蛋白質(zhì)表達模塊32
2.5大規(guī)模蛋白質(zhì)純化模塊49
2.6蛋白質(zhì)性質(zhì)表征模塊52
2.7自動化結(jié)晶和觀察模塊53
參考文獻56
第3章蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)分析系統(tǒng)57
3.1科學目標與建設目標57
3.2系統(tǒng)構(gòu)成與系統(tǒng)設計59
3.3蛋白質(zhì)微晶體結(jié)構(gòu)線站(BL18U1)60
3.4蛋白質(zhì)復合物晶體結(jié)構(gòu)線站(BL19U1)83
3.5高通量晶體結(jié)構(gòu)線站(BL17B1)93
3.6線站總體102
3.7束線調(diào)試及驗收測試110
3.8運行開放以及用戶成果138
參考文獻138
第4章蛋白質(zhì)動態(tài)分析系統(tǒng)140
4.1同步輻射生物X射線小角散射線站140
4.2同步輻射紅外譜學線站175
參考文獻212第5章核磁分析系統(tǒng)215
5.1核磁系統(tǒng)概述215
5.2核磁系統(tǒng)的初步設計方案216
5.3核磁設備的安裝、調(diào)試、驗收233
5.4核磁系統(tǒng)的開放運行成果250
參考文獻253
第6章電鏡分析系統(tǒng)255
6.1科學目標與建設目標255
6.2電子顯微鏡257
6.3透射電鏡樣品的基本制備技術269
6.4電鏡數(shù)據(jù)的收集及處理287
6.5電鏡系統(tǒng)的工藝測試與驗收295
6.6電鏡系統(tǒng)用戶成果介紹300
參考文獻303
第7章質(zhì)譜分析系統(tǒng)305
7.1科學目標與建設方案305
7.2蛋白質(zhì)樣本制備模塊310
7.3蛋白質(zhì)高分辨鑒定模塊320
7.4蛋白質(zhì)修飾的規(guī);蛛x和定位模塊325
7.5功能蛋白質(zhì)及其相互作用的定量分析模塊327
7.6安裝調(diào)試329
7.7測試驗收339
7.8用戶開放成果354
參考文獻371
第8章復合激光顯微鏡系統(tǒng)374
8.1科學目標375
8.2工程工藝設計377
8.3設備的到貨、安裝與調(diào)試379
8.4測試與驗收395
8.5運行開放與用戶成果427
參考文獻440
第9章分子影像系統(tǒng)442
9.1系統(tǒng)概述442
9.2系統(tǒng)設計方案443
9.3系統(tǒng)安裝、調(diào)試及研究計劃451
9.4系統(tǒng)測試與驗收453
9.5系統(tǒng)開放運行成果469
參考文獻473
第10章用戶開放服務475
10.1用戶服務管理流程475
10.2用戶會議及培訓476
10.3用戶成果管理478
參考文獻488
索引489